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本书主要介绍基于GraphPad Prism 9 的学术图表绘制方法。本书以软件所定义的8 种数据表为纲，按照“数据录入—数据分析—图表生成与美化”的顺序，结合科研实例，使用t 检验、方差分析、生存分析和主成分分析等相关统计分析方法，介绍了散点图、气泡图、柱状图、线图、饼图、面积图等常见学术图表的绘制和美化方法。同时本书提炼了学术图表绘制的一般流程、配色方法及GraphPad Prism 绘图的进阶技巧，兼顾学术图表绘制的实用性和美观性，适用于需要绘制学术图表的高校学生和科研人员。

第1 章 GraphPad Prism 快速入门  1
1.1 GraphPad Prism 简介  1
1.2 GraphPad Prism 下载和安装  2
1.3 GraphPad Prism 使用界面介绍  3
1.3.1 欢迎界面  3
1.3.2 操作界面  6
1.4 GraphPad Prism 图形修饰和美化  17
1.4.1 图形绘制区的修饰和美化  18
1.4.2 坐标轴区的修饰和美化  23
1.5 学术图表配色知识 . 29
1.5.1 色彩三要素  30
1.5.2 色轮和色轮配色方法  32
1.5.3 色轮配色工具  36
1.6 GraphPad Prism 图片导出和发送  41
1.6.1 图片导出  41
1.6.2 图片发送  43
1.7 GraphPad Prism 一般操作流程  44
第2 章 GraphPad Prism 图表与常见统计方法选择  45
2.1 图表分类及选择 . 45
2.1.1 按照图表外观分类  45
2.1.2 按照图表展示的数据关系分类  47
2.1.3 GraphPad Prism 自定义的8 种数据表 . 48
2.2 常见统计分析方法 . 51
第3 章 XY 表及其图形绘制 . 60
3.1 XY 表及其输入界面 . 60
3.1.1 XY 表输入界面  60
3.1.2 XY 表统计分析方法  63
3.1.3 XY 表下可绘制图形  64
3.2 XY 表常见图形绘制 . 65
3.2.1 散点图  65
3.2.2 象限散点图  71
3.2.3 火山图  74
3.2.4 克利夫兰点图、棒棒糖图  84
3.2.5 模拟直方图  86
3.2.6 线条连接的散点图  88
3.2.7 双Y 轴图形  95
3.2.8 折线图和曲线图  100
3.2.9 图形平移：瀑布图  104
3.2.10 坐标轴平移和波动中心轴设置  106
3.2.11 非连续X 值绘图  109
3.2.12 面积图  110
3.3 带统计分析的XY 表图形绘制  114
3.3.1 相关分析  115
3.3.2 简单线性回归  118
3.3.3 非线性回归  123
3.3.4 带置信条带的散点图  132
第4 章 纵列表（Column）及其图形绘制 . 135
4.1 纵列表及其输入界面 . 135
4.1.1 纵列表输入界面  135
4.1.2 纵列表统计分析方法  137
4.1.3 纵列表下可绘制图形  137
4.2 纵列表常见图形绘制 . 141
4.2.1 简单柱状图/条形图 . 141
4.2.2 截断柱状图  147
4.2.3 直方图  150
4.2.4 手动分组分割  153
4.2.5 悬浮条形图  155
4.2.6 森林图  157
4.3 带统计分析的纵列表图形绘制 . 163
4.3.1 单样本t 检验 . 163
4.3.2 成组t 检验——单数据系列柱状图 . 164
4.3.3 配对t 检验 . 171
4.3.4 普通单因素方差分析  174
4.3.5 随机区组设计单因素方差分析  182
4.3.6 重复测量单因素方差分析  187
4.3.7 ROC 曲线绘制 . 190
4.3.8 Bland-Altman 图 . 196
第5 章 行列分组表（Grouped）及其图形绘制 . 200
5.1 行列分组表及其输入界面 . 200
5.1.1 行列分组表输入界面  200
5.1.2 行列分组表统计分析方法  201
5.1.3 行列分组表下可绘制图形  202
5.2 行列分组表常见图形绘制 . 205
5.2.1 交错和分隔柱状图  205
5.2.2 堆积柱状图  211
5.2.3 双向柱状图  216
5.2.4 叠印柱状图  221
5.2.5 热图  224
5.3 带统计分析的行列分组表图形绘制 . 231
5.3.1 二因素方差分析  231
5.3.2 三因素方差分析  237
第6 章 列联表（Contingency）及其图形绘制 . 238
6.1 列联表及其输入界面 . 238
6.2 带统计分析的列联表图形绘制 . 239
第7 章 生存表（Survival）及生存曲线绘制 . 244
7.1 生存曲线和生存表简介 . 244
7.2 传统K-M 生存曲线绘制  247
7.3 基因表达K-M 生存曲线绘制  251
第8 章 其他数据表及其图形绘制 . 256
8.1 局部整体表（Parts of whole）及其图形绘制  256
8.2 多变量表（Multiple variables）及其图形绘制  260
8.2.1 气泡图绘制  262
8.2.2 主成分分析  265
8.3 嵌套表（Nested）及其图形绘制  270
第9 章 GraphPad Prism 绘图进阶技巧  275
9.1 首选项设置 . 275
9.2 图形组合 . 278
9.2.1 图中图  278
9.2.2 图形堆叠：带箱线图的前后图等  281
9.2.3 图形拼接：边际图  285
9.3 自定义配色方案 . 291
9.4 风格一致快速绘图：魔棒工具和克隆 . 296
9.4.1 魔棒工具  296
9.4.2 克隆和模板  300
参考文献 . 304

作为一款专业的数据处理和绘图软件，GraphPad Prism 以其便捷性和专业性，在学术图表绘制中具有重要地位。但目前在市面上系统介绍GraphPad Prism 绘图的图书难得一见，个别图书也只是对该软件较低版本的一些简单功能进行了介绍。
本书主要介绍基于GraphPad Prism 9 的学术图表绘制方法。首先，介绍了GraphPad Prism图形生成和美化流程、学术图表配色原则和技巧、常用学术图表类型和软件内嵌的大部分统计方法的选择等内容；然后，着重以软件所定义的8 种数据表为纲，按照“数据录入—数据分析—图表生成与美化”的顺序，结合科研实例，使用t 检验、方差分析、生存分析和主成分分析等相关统计分析方法，介绍了散点图、气泡图、柱状图、线图、饼图、面积图等常见学术图表的绘制和美化方法；最后，介绍了软件的进阶使用技巧。同时本书提炼了学术图表绘制的一般流程、配色方法及GraphPad Prism 绘图的进阶技巧，兼顾学术图表绘制的实用性和美观性。通过对GraphPad Prism 进行系统的介绍，可以让读者全面掌握该软件的使用方法。
本书定位
本书适合于需要绘制学术图表的高校学生和科研人员，并且使用人员不需要具有GraphPad Prism 使用基础，只需要具备基本的计算机知识即可。因此，本书通常可以作为读者的工具书，可使其“依葫芦画瓢”地绘制所需要的学术图表。但在涉及统计分析时，读者需要结合自己的专业知识背景和统计学知识进行判断。
中心内容
全书内容共9 章，采用“总—分—总”的结构编排。第1 章是GraphPad Prism 快速入门；第2 章是GraphPad Prism 图表与常见统计方法选择；第3~8 章是GraphPad Prism 的8 种数据表及其图形绘制，读者可以根据需要进行选择性的学习；第9 章是GraphPad Prism 绘图进阶技巧。
第1 章 介绍了软件下载、安装、使用界面、图形修饰与美化、学术图表配色、图片导出和发送等内容。
第2 章 介绍了常见学术图表分类及选择与软件内嵌的大部分统计方法。
第3 章 介绍了XY 表及该数据表类型所支持的12 类图表的绘制方法，以及带统计分析的XY 表图形绘制，如相关分析、回归分析等。
第4 章 介绍了纵列表（Column）及该数据表类型所支持的6 类图表的绘制方法，并基于实例介绍了包含t 检验和方差分析的相关图表绘制方法，以及ROC 曲线、Bland-Altman 图的绘制。
第5 章 介绍了行列分组表（Grouped）及该数据表类型所支持的5 类图表的绘制方法，并基于实例介绍了二（三）因素方差分析。
第6 章 介绍了列联表（Contingency）及该数据表类型所支持的图表的绘制方法。
第7 章 介绍了生存表（Survival）及该数据表类型所支持的生存曲线的绘制方法。
第8 章 介绍了局部整体表（Parts of whole）、多变量表（Multiple variables）及嵌套表（Nested）这3 种数据表及其所支持的图形绘制，尤其是GraphPad Prism 9 新增的主成分分析和气泡图。
第9 章 介绍了GraphPad Prism 绘图进阶技巧，包括首选项设置、图形组合、自定义配色方案、魔棒工具、克隆和模板等内容。
适用范围
本书所有内容均是在GraphPad Prism 9 中完成的，绝大部分内容也适用于GraphPad Prism8。本书使用科研实例，结合统计分析方法绘制学术图表，在绘图过程中充分使用了软件内嵌的配色方案，还仿制了ggplot2 配色风格，使用了自定义配色方案。另外，本书在绘制学术图表的同时兼顾了图形的美观性。
从2020 年2 月接到出版社的约稿，我利用空余时间不断撰写和修改本书的写作提纲，并在2020 年4 月开始基于GraphPad Prism 8.4 版本进行写作，在2020 年暑假期间更是专心撰写本书，终于在9 月完成了初稿。然后根据出版社提出的意见和建议，我对初稿进行了删改，并且随着GraphPad Prism 在10 月发布了新版本，又将其中涉及的软件图片进行了修改，并补充了部分新版本的新增内容，如估计图、主成分分析和气泡图等。在写作过程中，我一边梳理学习，一边撰写修改，收获极大。同时有一句经验之谈与诸位分享：官方文档是软件学习的第一手资料。
在写作过程中，感谢电子工业出版社石倩老师对书稿的肯定与建议。由于时间与能力所限，本书疏漏之处在所难免，欢迎及恳请读者朋友们给予批评与指正。
作 者
2021 年2 月1 日

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GraphPad Prism学术图表（全彩）